早期的《童话小镇Popo》在玩法上相当简单，采用了经典的双摇杆控制角色进行射击，就像大多数同类射击游戏一样。随着时间的推移，游戏引入了Roguelike设计元素，使其玩法发生了翻天覆地的变化。
游戏的操作依然保留了经典的双摇杆模式，但为了兼顾新手玩家，还加入了自动瞄准的按键开火模式，进一步简化了游戏的操作难度。虽然操作上手难度较低，但要想精通却并非易事。玩家需要通过灵活的走位躲避敌人的子弹。随着敌人数量的增加，如何在满屏的弹幕中生存下来，才是真正考验玩家的地方。
《童话小镇Popo》加入的Roguelike元素对游戏的整体系统产生了重大影响。游戏摒弃了传统的关卡设计，每一关的地图都是随机生成的。随着关卡的不断推进，游戏的难度、关卡的复杂度和敌人的种类也会随之增加。
除了丰富的武器系统外，道具设计才是《童话小镇Popo》的精髓。在冒险过程中，玩家能够从商店、宝箱或头目身上获得各种实用道具，这些道具能够大幅强化角色属性。截止目前，游戏已经设计了116种道具。玩家通过冒险逐步解锁这些道具，而解锁道具并不意味着直接获得，而是增加了在未来冒险中获取对应道具的权限。
